Situada a 111,5 metros acima do nível do mar, esta fortaleza, concluída na segunda metade do século XVII, servia, na altura, de armazém de pólvora da cidade (pólvora que era destinada a todos os fortes e torres da Ilha).

No século XVII foram estabelecidas nesta fortaleza algumas oficinas de aprendizagem, que duraram até ao século XIX.

Inicialmente designada por Fortaleza de São João, viu o seu nome mudar para São Filipe e São Miguel, para mais tarde recuperar o seu nome de origem.

Em meados do século XX, a fortaleza foi entregue à Marinha, e nela foi instalado o Centro de Comunicações da Armada.

Devido ao elevado número de antenas ali colocadas a população passou a designá-la, também, por “Pico Rádio”.

No ano de 2014 foi feita a “desafetação do domínio público militar do imóvel designado de Fortaleza de São João”, (Despacho nº 8 244 – B/2014 do Ministério das Finanças e da Defesa Nacional), sendo integrado no domínio privado do Estado, tendo em vista a sua cessão, a título definitivo à RAM.