Localizado no Palácio de São Pedro, um dos mais importantes exemplares da arquitetura civil portuguesa, de meados do séc. XVIII, encontra-se o Museu de História Natural do Funchal.

Estão expostas várias espécies de peixes, aves, répteis marinhos, mamíferos terrestres e marinhos, insetos, invertebrados e plantas, bem como uma coleção de rochas e minerais do arquipélago da Madeira e de fósseis marinhos da ilha do Porto Santo. No total, as coleções do museu perfazem mais de 37000 exemplares.

O edifício acolhe também a Biblioteca Científica do museu e o Aquário Municipal.