Instalado no antigo Paço Episcopal do Funchal, o Museu é composto por coleções de pintura, escultura, ourivesaria e paramentaria, que datam desde finais do século XV até o século XIX.

Um dos elementos de destaque no núcleo de arte flamenga, é a coleção de pintura flamenga dos séculos XV e XVI, cujo espólio chegou à Madeira no apogeu da produção açucareira. Os painéis flamengos distinguem-se pela sua qualidade e pelas suas grandes dimensões, pouco comuns nos museus europeus. Outro realce deste espólio é a coleção de escultura flamenga, oriunda principalmente de Malines e Antuérpia.

No Núcleo de Arte Portuguesa, incluem-se coleções de pintura, ourivesaria - onde merece especial destaque a Cruz oferecida por D. Manuel I à Sé do Funchal -, e paramentaria. Estas coleções abrangem peças dos séculos XVI a XIX.